Директор

Обща администрация

Дирекция „Административни, финансови и правни дейности”

Специализирана администрация

Дирекция „Контрол на околната среда”
Отдел „Контролна дейност”
Направление „Опазване чистотата на атмосферния въздух, вредни физични фактори, опазване на водите, екологична отговорност и доброволни ангажименти, опасни химични вещества и контрол на риска от големи аварии с опасни химични вещества”
Направление „Комплексно предотвратяване и контрол на замърсяването”

Отдел „Управление на отпадъците и опазване на почвите”

Дирекция „Превантивна дейност”
Направление „Екологична оценка и оценка на въздействието върху околната среда”
Направление „Биологично разнообразие, защитени територии и зони” 
Направление „Специализирани регистри”